Hiện các cơ quan hành chính nhà nước ở Phú Yên đang triển khai giai đoạn 3 của đề án Đơn giản hóa thủ tục hành chính trên các lĩnh vực quản lý nhà nước giai đoạn 2007-2010 của Chính phủ. Tuy nhiên, việc công khai các thủ tục hành chính theo đề án này trên cổng thông tin điện tử của UBND tỉnh chưa được hoàn tất. Lãnh đạo các cơ quan hành chính nhà nước ở địa phương cần nỗ lực rất nhiều trong việc thực hiện công tác này.